O Museu da Geodiversidade foi criado em 2007 como parte das comemorações dos 50 anos de ensino de Geologia no Brasil. A princípio, fazia parte do Departamento de Geologia. Porém, sua vocação para a interdisciplinaridade fez com que passasse a integrar diretamente a estrutura do Instituto de Geociências da UFRJ a partir de 2010, estreitando o contato com outros departamentos e possibilitando a exploração de outras vertentes de exposição, de coleta de acervo e de plano educativo.
A primeira exposição do museu foi inaugurada em 2008. Chamada “A Geodiversidade Brasileira”, ela buscava contar um pouco da história do ensino da Geologia em nosso país através de rochas, fósseis, reconstituições, imagens e instrumentos científicos.
Em setembro de 2011 foi inaugurada a exposição “Memórias da Terra”, que está em cartaz até hoje. Essa exposição aborda o conceito de geodiversidade de maneira holística, relacionando a Terra, a vida e a sociedade de modo que o visitante reflita sobre a interferência dos elementos da geodiversidade na história humana e vice-versa.
Para contar essa história, o museu se utiliza de uma narrativa cronológica e expõe um acervo composto de fósseis, minerais, rochas, meteoritos e reconstituições diversas em tamanho real, contextualizadas pelos ambientes em que esses seres viveram ou esses elementos se formaram.